تعنى ادارة العقود الهندسية بمتابعة استكمال إجراءات التعاقد لجميع مناقصات الجامعة وعمليات الشراء المباشر الخاصة بمشاريع الجامعة بدقة وفي زمن قياسي.
ومن اهم مهامها ايضا  إعداد العقود وتدقيقها وتوقيعها من طرفي العقد وحفظ العقود مع مستندات المشروع في ملفات معنونة في مكان آمن 
وكذلك تقوم الادارة بمخاطبة الجهات الرقابية (الزكاة والدخل، التأمينات الاجتماعية، مركز الاتصالات، ديوان المراقبة العامة) وتوفير كافة المعلومات المطلوبة من قبلهم ..

مهام إدارة العقود الهندسية : 
- الإلتزام بنظام المنافسات والمشتريات الحكومية واللأئحة التنفيذية 
- تنفيذ عمليات الشراء حسب الشروط والمواصفات 
- التأكد من سلامة الاجراءات النظامية 
- الاعلان عن المنافسات الخاصه بوكالة الجامعة للمشاريع 
- اعلان نتائج فتح المظاريف على موقع الإدارة 
- اعلان نتائج المنافسات على موقع الإدارة 
- متابعة تنفيذ المشاريع 
- إنهاء إجراءات صرف مستحقات المقاولين 
- حفظ الضمانات الابتدائية ومتابعة تجديدها 
- استكمال إجراءات التعاقد مع المقاولين 
- تحرير العقود مع المقاولين